Национальный хирургический центр МЗ КР является государственным научным лечебно-учебным комплексом третичного уровня, выполняющим функции головного республиканского учреждения по вопросам неотложной хирургии, а также по гепатопанкреатобилиарной, гастроэнтерологической, гнойно-септической и эндоскопической хирургии. Основной функцией НХЦ является оказание экстренной и плановой хирургической помощи населению республики.  Как одно из важных звеньев сферы национальной безопасности наиболее высоко поднимается роль НХЦ в моменты массового поступления раненых и больных в период стихийных бедствий и нарастания угрозы террористической опасности.ё

Национальный хирургический центр МЗ КР со дня своего образования в 1997 году оказывает беспрерывную ежесуточную диагностическую и лечебную помощь населению Кыргызской Республики. Ежегодно в стенах НХЦ МЗ КР оказывается высококвалифицированная врачебная помощь около 10 тыс. жителям Кыргызстана, выполняется более 6 тысяч оперативных вмешательств. Ежедневно круглосуточно выполняется до 25 операций на 8 операционных столах, в отделении реанимации находятся на аппарате искусственной вентиляции легких до 12 больных.