С 1998 года на базе НХЦ функционирует отдел клинической ординатуры, аспирантуры и докторантуры, который занимается подготовкой квалифицированных врачей-хирургов.

Аспирантура при НХЦ МЗКР является составной частью единой системы непрерывного образования и основной формой планомерной подготовки научно-педагогических кадров. Аспирантура имеет своей целью углубление теоретической и специальной подготовки научно -педагогических и научных кадров, овладение ими методами и средствами научных исследований, умением самостоятельно на высоком уровне вести научную, педагогическую и воспитательную работу.

Заведующими отдела в разные годы были — д.м.н., профессор Аралбаев Т.А. (с 1997 по 2004 гг.), д.м.н. Кутманбеков А.К. (с 2004 по 2008 гг.), Кабаев А.С. (с 2008 по 2009 гг.), к.м.н. Маллаев С.Х. (с 2009 по 2011 гг.). С 2011 г. по настоящее время возглавляет отделом к.м.н. Талипов Н.О.

Поступающие в аспирантуру НХЦ сдают конкурсные экзамены по хирургии, философии и английскому языку в объеме действующей программы для медицинских вузов.

Форма обучения на аспирантуре в НХЦ МЗ КР бюджетная.

Подготовка аспирантов НХЦ МЗ КР осуществляется по специальности «хирургия» (14.01.17)

Подготовка аспирантов осуществляется с отрывом и без отрыва от производства. Срок обучения в аспирантуре с отрывом от производства — 3 года, в аспирантуре без отрыва от производства — 4 года.

Перечень документов для поступления в аспирантуру:

1. Заявление на имя ректора
2. Заверенная копия диплома о высшем медицинском образовании
3. Заверенная копия удостоверения об окончании ординатуры
4. Паспорт (для иностранных граждан – с соответствующей въездной визой)
5. 3 фото размером 3х4 см
6. Сертификат об обучении русскому языку – для иностранных граждан
7. Личный листок по учету кадров
8. Автобиография
9. Характеристика – рекомендация
10. Список опубликованных работ или автореферат
11. Выписки из трудовой книжки